Seftriakson geniş antimikrob təsir spektrinə malik olub, qrammüsbət və qrammənfi aerob va bəzi anaerob bakteriyalara təsir göstərir. Seftriakson qrammüsbət və qrammənfi bakteriyaların betalaktamaza, penisillinaza, sefalosporinaza fermentlərinə qarşı yüksək davamlılığa malikdir.Təcrübədə aşağıdakı mikroorqanizmlərə qarşı yüksək həssaslıq göstərir. Qrammənfi aeroblar: Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae, E. coli, N. influenzae (ampisillinə davamlı ştammlar da daxil olmaqla), N. parainfluenzae, Klebsiella spp ., N. meningitis, P. mirabilis, P. vulgaris, Morganella morganii, S. marcescens, Ps. aeruginosa. Qrammüsbət aeroblar: Staph. aureus, Staph. epidermidis (qeyd: metisillina rezistent stafilokokklar bütün sefalosporinlərə, o cümlədən seftriaksona qarşı da davamlıdır), Strep. pyogenes (A qrup beta-hemolitik), Strep. agalactiae (B qrup streptokokken), Strep. pneumoniae. Anaeroblar: Bacteroides spp ., Clostridia (lakin CI. difficile ştammlarının çoxu rezistentdir).